Fakultas Ekonomi dan Manajemen (FEM) merupakan fakultas ke-8 di Institut Pertanian Bogor (IPB). Pendirian FEM IPB didasari oleh filosofi bahwa IPB merupakan satu-satunya perguruan tinggi pertanian di Indonesia yang diberi amanah untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi pertanian secara holistik, namun tidak mempunyai fakultas yang diberi amanah untuk mengembangkan ilmu ekonomi dan manajemen untuk menunjang hal tersebut. pembangunan pertanian pada khususnya, dan pembangunan perekonomian Indonesia pada umumnya. Landasan formal berdirinya Fakultas Ekonomi dan Manajemen tertulis pada plakat yang ditandatangani oleh Wakil Presiden Indonesia saat itu, Megawati Soekarnoputri, pada tanggal 6 April 2001. Tulisan pada plakat tersebut berbunyi: “Diketahui bahwa Pilar utama pembangunan ekonomi berkelanjutan adalah pembangunan pertanian yang bertujuan untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat dan negara secara berkeadilan. Oleh karena itu, kehadiran Fakultas Ekonomi dan Manajemen Institut Pertanian Bogor akan memperkuat perekonomian pertanian mikro dan makro Indonesia. Bogor, 6 April 2001. Megawati Soekarnoputri – Wakil Presiden Indonesia”.

Secara hukum FEM IPB lahir pada tanggal 20 April 2001 berdasarkan Surat Keputusan Rektor nomor 059/K13.12.1/OT/2001. Saat pertama kali didirikan, FEM IPB mempunyai dua program, yaitu Program Ekonomi dan Program Manajemen. Kedua program tersebut kemudian ditetapkan menjadi departemen pada tahun 2007. Pada tahun 2005, IPB melakukan restrukturisasi dan FEM membentuk dua departemen baru, yaitu Departemen Agribisnis dan Program Ekonomi Sumber Daya dan Lingkungan.